Si vous exécutez une version 5.1 de PHP, PDO est inclut dans cette distribution ; il devrait être automatiquement activé lorsque vous lancerez le script de configuration de PHP. Il est recommandé de compiler PDO en tant qu'extension partagée, ce qui vous permettera de mettre à jour PDO via PECL. Il est également recommandé d'activer le support zlib (pour l'installeur PEAR) lors de la compilation de PHP. Vous devriez également avoir besoin d'activer le driver PDO correspondant à la base de données de votre choix ; consultez la documentation pour les drivers PDO spécifiques à une base de données pour plus d'informations.
./configure --with-zlib --enable-pdo=shared

Après avoir installé PDO en tant que module partagé, vous devez éditer votre fichier php.ini afin que l'extension PDO soit chargé automatiquement lorsque PHP est lancé. Vous devez y activer également le driver spécifique à votre base de données ; assurez-vous qu'ils sont listés après la ligne pdo.so, car PDO doit être initialisé avant le chargement des extensions spécifiques à la base de données. Si vous avez compiler les extensions statiquement, vous pouvez sauter cette étape.
extension=pdo.so

Le fait d'avoir PDO en tant que module partagé vous permet d'exécuter la commande pear upgrade pdo pour mettre à jour votre version de PDO sans pour autant avoir besoin de recompiler complètement PHP. Notez que si vous faîtes celà, vous devez également mettre à jour votre driver PDO spécifique à votre base de données dans le même temps.